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La formazione è tra le principali attività dell’Istituto Idrografico della Marina, fin dagli inizi del 1900. Naturalmente, con il tempo l’offerta dei corsi proposti si è ampliata per coprire le diverse esigenze portate dall’evoluzione tecnologica.
Il corso più importante, tenuto presso la sede di Forte S. Giorgio ed organizzato in collaborazione con l’Università di Genova, è il Master di II livello in Geomatica Marina, riconosciuto in ambito internazionale e aperto anche al personale esterno all’IIM.
Il riconoscimento IBSC - ottenuto già nel 1986 e recentemente confermato nel 2008 -  premia la qualità dei piani di studio e della didattica. La presenza all’interno dell’Istituto di professori ordinari e associati garantisce infatti gli obiettivi formativi richiesti dai rigorosi standard internazionali e permette di consolidare e incrementare innovazione, aggiornamento, confronto e valorizzazione delle conoscenze con università, enti e altri istituti di ricerca legati allo studio del mare e delle sue risorse.
Al Master in  Geomatica Marina si affiancano corsi per la formazione di personale idrografo rivolti a ufficiali dei ruoli speciali e sottoufficiali, corsi per compensatori di bussole e per l’utilizzo dell’ ECDIS (Electronic Chart Display Information System).
Il personale dell’IIM è spesso chiamato a tenere corsi anche in altri enti di formazione, tra i quali l’Accademia della Marina Mercantile e l’Accademia della Guardia di Finanza di Bergamo.