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L’IIM ha il compito di concorrere alla sicurezza della navigazione, sia militare che mercantile, alla difesa della Nazione e alla conoscenza e valorizzazione di tutto ciò che riguarda il mare, dal punto di vista tecnico, scientifico, ambientale e culturale.
Compiti e funzioni dell’IIM sono stabiliti ai sensi del DPR 90/2010 sull’ordinamento militare (capo V, art. 222):

a) assicurare alle Forze Armate il supporto idro-meteo-oceanografico necessario allo svolgimento delle attività d’istituto;
b) concorrere alla sicurezza della navigazione e alla salvaguardia della vita umana in mare, assicurando la produzione e l’aggiornamento della documentazione nautica ufficiale, relativa alle acque di interesse nazionale, secondo la Convenzione di Londra del 1969 sulla sicurezza della navigazione (SOLAS 1969);
c) redigere le normative tecniche e fornire consulenza per standardizzare l’esecuzione dei rilievi idrografici, da svolgere nell’ambito della pubblica amministrazione, comunque inerenti alla sicurezza della navigazione;
d) creare un sistema informativo geografico che raccolga tutti i dati idro-oceanografici provenienti dai rilievi effettuati nelle acque di giurisdizione dallo stesso IIM e da altri enti pubblici e privati;
e) gestire e mantenere aggiornata, con il concorso delle altre amministrazioni dello Stato e delle associazioni private operanti nel settore, la banca dati di tutti i relitti, di interesse storico e non, giacenti sui fondali delle acque marine sottoposte alla giurisdizione nazionale;
f) curare la formazione del personale da adibire a funzioni idrografiche e oceanografiche, mediante l’organizzazione di corsi aperti anche alla partecipazione di studenti universitari e di cittadini stranieri;
g) conferire la qualifica di idrografo al personale militare e civile che superi il previsto iter formativo;
h) concorrere all’attività didattica d’istituti di formazione nel campo delle scienze idrografiche e oceanografiche;
i) partecipare all’attività dell’Organizzazione Idrografica Internazionale;
j) disciplinare gli standard per quanto attiene ai rilievi idrografici condotti da soggetti esterni all’amministrazione della difesa.

Per assolvere a tali compiti, l’IIM pianifica ed effettua i rilievi idrografici, topografici e mareometrici necessari per la compilazione e l’aggiornamento delle pubblicazioni nautiche, cura la formazione del personale idrografo, civile e militare, e svolge attività di ricerca nel campo della tutela dell’ambiente marino e dello sviluppo sostenibile.
A tali fini, opera fondamentalmente in quattro settori:

attività di campagna e di ricerca idro-oceanografica (nelle acque italiane, in quelle mediterranee e in quelle oceaniche);
redazione di normativa tecnica di riferimento per la sicurezza della navigazione;
produzione e aggiornamento di tutta la cartografia e la documentazione nautica ufficiale;
formazione del personale idrografo, sia militare che civile (anche proveniente da altri paesi, in un’ottica di collaborazione internazionale e di capacity building di professionalità specifiche).

A gestire l’intera sfera di competenze, occupandosi delle numerose attività che l’IIM svolge nel campo della ricerca, della formazione, della comunicazione e degli impegni internazionali - è un organico formato da circa 230 dipendenti, fra militari e civili, in una sede, come quella di Forte San Giorgio, edificato nel 1859-1861 su un bastione della cinta cinquecentesca, che rappresenta un unicum a livello nazionale per la spettacolare della posizione e della vista sulla città, il porto e la Lanterna, guida per i naviganti e simbolo di Genova fin dal XVI secolo.